La Junta Directiva está formada por 9 miembros, representantes de las organizaciones. Son cargos honoríficos y de carácter gratuito. Se eligen por la Asamblea General cada cuatro años. Aunque estatutariamente su convocatoria es semestral, en la práctica se reúnen seis veces al año y siempre que las circunstancias lo exijan. Sus competencias son: la redacción de la memoria anual, recaudación y administración del presupuesto, la realización de las actividades designadas por la Asamblea, la información y coordinación de las organizaciones federadas. Son portavoces de los miembros de la Red Acoge ante instituciones públicas y privadas.

La sede actúa como secretaría formada por técnicos cuya finalidad es la activación del funcionamiento de la estructura federada.